Joskus on tarpeen päästä manuaalisesti muokkaamaan, poistamaan tai siirtämään tiedostoja ja hakemistoja palvelussa. Tämä onnistuu FTP-yhteyden lisäksi myös suoraan cPanelin kautta.
- Valitkaa “Tiedostonhallinta”
Palvelun pääverkkotunnuksen (se, jolle palvelunne on tilattu) verkkosivujen tiedostot sijaitsevat oletuksena public_html-hakemistossa. mail-hakemisto taas sisältää esimerkiksi palveluun vastaanotetut sähköpostiviestit. Hakemistoista ei kannata poistaa mitään mistä ei ole varma – tiedostoissa on myös cPanelin toiminnan kannalta oleellisia tiedostoja, ja esimerkiksi koko kotihakemiston tyhjentäminen voi pahimmillaan saattaa webhotellinne täysin toimimattomaan tilaan.